In 1990 wordt ds. H. Olde in de GKN bevestigd tot predikant ten dienste van PERKI. In 1991 ontstaat het Samenwerkingsorgaan van PERKI - NHK/GKN (S.O.P.E.N.G), dat ten doel heeft regelmatig inhoudelijk overleg te voeren tussen PERKI en de toenmalige Raad voor de Zending, het Hervormd Evangelisatorisch Beraad en Deputaten voor Zending en Werelddiakonaat van de Gereformeerde Kerken. Bij de taakstelling van dit samenwerkingsorgaan wordt allereerst genoemd: ‘’Aandacht (te) geven aan de voortgang van de PERKI in het algemeen maar in het bijzonder aan de voortgang van eredienst, diaconaat en getuigenis. Waar nodig vanuit deze aandacht te komen tot adviezen aan de participanten inzake concrete vormen van samenwerking’’.
In 1995 wordt een tweede predikant, ds Ida Pattinama, op part-time basis benoemd. In 2000 wordt ds Marla Winckler-Huliselan benoemd in de vacature ds. Henk Olde. 

In 2000 wordt de landelijke vereniging PERKI opgericht. Deze landelijke vereniging functioneert als een koepelorganisatie voor de plaatselijke afdelingen. 

Relatie met de Protestantse Kerk in Nederland en haar voorgangers
Waar op landelijk niveau de samenwerking met PERKI werd geregeld in S.O.P.E.N.G. en na het tot stand komen van de Protestantse Kerk in Nederland  in het Samenwerkingsorgaan PERKI-PKN (SPPKN), werd vanaf het begin door PERKI  ook op plaatselijk niveau samenwerking gezocht met zowel de NHK als met de GKN. De meeste leden van ICJ of de latere PERKI waren immers afkomstig uit kerken die ontstaan waren uit het zendingswerk van die kerken. De samenwerking met de genoemde kerken op plaatselijk niveau had ook ten doel om zorg te dragen voor de ambtelijke aanwezigheid in door PERKI georganiseerde kerkdiensten, waarin de sacramenten worden bediend. In een aantal gevallen heeft deze samenwerking tot een structurele oplossing geleid. Daarbij wordt een bestuurslid van een plaatselijke PERKI-afdeling verkozen tot ambtsdrager in de plaatselijke protestantse gemeente, om op die manier de ambtelijke verantwoordelijkheid voor de door PERKI georganiseerde diensten te regelen.

N.a.v. het 75 jarig bestaan van PERKi werd een ontmoetingsdag georganiseerd, waar gesproken werd over de vorming van een classis van gemeenten van bijzondere aard. Men stelde ook vast dat een aantal zaken beter geregeld moet worden. Op de Algemene Ledenvergadering van PERKI in 2007 in Nunspeet, wordt het besluit genomen tot omvorming van de plaatselijke afdelingen van PERKI tot gemeenten van bijzondere aard van de Protestantse Kerk in Nederland.
Aan de PKN-dienstenorganisatie werd vervolgens verzocht om de integratie van PERKI binnen de Protestantse Kerk te begeleiden. Daartoe werd een projectgroep gevormd die o.a. als opdracht had om te zorgen voor de volledige integratie van PERKI binnen de Protestantse Kerk in Nederland per uiterlijk 1 januari 2010. Daarbij diende ook zorg te worden gedragen voor het voortbestaan van de Vereniging PERKI, namelijk voor die activiteiten ‘die niet worden geïntegreerd in de Protestantse Kerk in Nederland’.

Problematiek bij de implementatie van het besluit
Tijdens dit proces van implementatie is na enige tijd onder een deel van de PERKI-afdelingen discussie ontstaan over de vraag of het in Nunspeet genomen besluit wel een goed besluit was. Deze discussies hebben uiteindelijk geleid tot een meningsverschil. Er zijn twee fracties ontstaan. In de jaren 2013 – 2015 is er financieel wanbeleid gevoerd. Een van de twee predikanten voelde zich gedwongen zich terug te trekken. In 2018 heeft de commissie Plaisier hierover vastgesteld:

“... De vereniging PERKI blijft functioneren als vereniging ten behoeve van culturele activiteiten voor al haar leden.
Leden van Vereniging PERKI NL kunnen alle activiteiten blijven bezoeken; dus kerkelijke en culturele-maatschappelijke activiteiten die worden georganiseerd ten behoeve van de kerkelijke (kern)activiteit. De culturele-maatschappelijke activiteiten van PERKI NL zijn voor iedereen (dus ook niet-leden) toegankelijk.
Leden van de afdelingen zijn vrij om zich naast het lidmaatschap van Vereniging PERKI  NL aan te sluiten bij een gemeente van de Protestantse Kerk in Nederland. Leden zijn vrij om lid te worden en diensten te bezoeken van een andere (buitengewone) gemeente van de PKN.”

Samen tot een oplossing:
Gelukkig vonden Norman Aipassa, Cynthia Hubner, Ria Cohen en Henk Go o.l.v. ds Bas Plaisier elkaar in de Commissie van Drie. Op 25 januari 2018 tekenden de genoemde personen namens hun achterban de verklaring van de Commissie van Drie:

De commissie stelt met dankbaarheid vast dat de problematiek over de financiën door de gezamenlijke inspanningen van beide fracties is opgelost.
De structuur van de PERKI nieuwe stijl voldoet aan de opdracht aan de commissie om een structuur te ontwerpen, waarin beide fracties de door ieder van hen gekozen relatie tot de Protestantse Kerk in Nederland, accepteren.
Beide fracties spreken uit dat zij in de nieuwe structuur nauw met elkaar verbonden blijven en daarbij op hun eigen wijze de relatie tot de PKN vormgeven. Fractie B is ermee akkoord dat fractie A een buitengewone gemeente wordt, fractie A is ermee akkoord dat fractie B voortgaat op de huidige wijze.
In de komende maanden wordt gezocht naar een model waarin de gezamenlijke activiteiten op het gebied van cultuur en gemeenschap kunnen plaatsvinden.
Beide fracties zijn een onderdeel van PERKI NL en zullen daarom ook de naam en het logo van de PERKI (kunnen) gebruiken. De buitengewone gemeente (de huidige fractie A) kan in haar naam ook het behoren tot de PERKI gemeenschap tot uiting brengen. Dit zal nader worden uitgewerkt.
De commissie hoopt dat in de komende vergadering van de Generale Synode van de Protestantse Kerk in Nederland in april 2018 tot de formele oprichting van de buitengewone PERKI gemeente besloten zal worden.
De commissie vraagt het moderamen van de GS van Protestantse Kerk in Nederland om zo spoedig mogelijk de vertegenwoordigers van alle gemeenschappen van de PERKI  bijeen te roepen – als vervolg op de bijeenkomst van 21 juni 2017 - om het voorliggende resultaat met hen te delen.
De commissie beveelt aan dat zo spoedig mogelijk (indien mogelijk vóór juli 2018) de algemene vergadering (sidang) van PERKI NL gehouden zal worden waarin de veranderde structuur en relatie tussen de verschillende PERKI gemeentes bekrachtigd zal worden.
De commissie stelt met grote dankbaarheid vast dat in het afgelopen half jaar de relatie tussen beide fracties is verbeterd en dat er weer sprake is van een gezamenlijk verantwoording nemen voor de vereniging PERKI NL.
Norman Aipassa, Cynthia Hubner, Ria Cohen, Henk Go verklaarden elkaar te respecteren en zich in te spannen dat de samenwerking, ondanks de scheiding, goed zou blijven. Het volledige document van de Commissie van Drie is op te vragen.


Protestantse PERKI op synode op 20 april 2018:
Op 20 april 2018 besloot de Generale Synode van de Protestantse Kerk de vier PERKI-gemeenten als Protestantse Gemeente PERKI Nederland op te nemen. Bij die synode-vergadering waren vele PERKI-leden aanwezig. De PKN-synode vroeg of PERKI de synodevergadering wilde afsluiten met een viering.
Ibu Pdt. Nieke Atmadja en het PERKI-koor verzorgden deze viering. Wanneer christenen met verschillende achtergrond samen zingen voel je het geloof en de kracht van Jezus Christus. Dr. René de Reuver en ds. Saskia van Meggelen spraken hun waardering voor PERKI uit.

Geen gezamenlijke sidang
Na 20 april werkten de afdelingsbesturen van PERKI Rotterdam, PERKI Den Haag, PERKI Amsterdam-Buitenveldert en PERKI Utrecht aan de start van hun Protestantse gemeente PERKI Nederland en de vier wijkkerkenraden. Er vond overleg plaats met PERKI Zwolle, PERKI Amsterdam-Zuid-Oost, PERKI Arnhem en PERKI Almere. Een gezamenlijke sidang, zoals afgesproken door de Commissie van Drie, lukte niet. PERKI Zwolle, PERKI Amsterdam-Zuid-Oost, PERKI Arnhem, PERKI Voorburg en PERKI Almere wilden zonder zorgvuldige voorbereiding betrekkelijk snel een sidang op 14 juli 2018. De afdelingsbesturen van PERKI Rotterdam, PERKI Den Haag, PERKI Amsterdam-Buitenveldert en PERKI Utrecht wilden dat niet. Zij besloten op advies van notariskantoor Davina een verklaring te sturen naar de andere PERKI-afdelingsbesturen. Notariskantoor Davina had in het jaar 2000 zelf de statuten van de vereniging PERKI opgesteld.
In die verklaring verklaarden zij, dat :
-zij en de gemeenteleden afscheid hebben genomen van de vereniging
-beide partijen financieel geen aanspraken op elkaar doen
-zij zelf een Protestantse gemeente PERKI vormen
-zij de benoeming van een nieuwe BPPNB-bestuur voor PERKI Zwolle, PERKI Amsterdam-Zuid-Oost,  
  PERKI Arnhem, PERKI Voorburg en PERKI Almere willen ondersteunen, zodat mw.Tampi-Noll niet meer
  in haar eentje verantwoordelijk is voor het bestuur.
Na 14 juli 2018 stuurde PERKI Zwolle, PERKI Amsterdam-Zuid-Oost, PERKI Arnhem, PERKI Voorburg en PERKI Almere geen verslag van hun sidang op 14 juli 2018 aan PERKI Rotterdam, PERKI Den Haag, PERKI Amsterdam-Buitenveldert en PERKI Utrecht. Er is een nieuw verenigingsbestuur gekozen voor de afdelingen PERKI Zwolle, PERKI Amsterdam-Zuid-Oost, PERKI Arnhem en PERKI Almere.
PERKI Voorburg is eraan toegevoegd

Bevestiging ambtsdragers en opbouw van de gemeente
De Protestantse gemeente PERKI Nederland bestaat uit de vier wijkgemeenten. De vier PERKI-gemeenten zijn nog steeds PERKI. De  kerkdiensten, PA-bijbelstudies, pastoraat en jeugdwerk blijven hetzelfde. De PERKI-identiteit ligt in de geschiedenis, taal en vooral het geloof in God en Zijn zoon Jezus Christus. Voor deze wijkgemeenten zijn op 26 augustus 16 ambtsdragers bevestigd in een feestelijke dienst.
Vier kandidaat-ambtsdragers worden vanwege de vakantieperiode later bevestigd.
Nu werken de vier wijkkerkenraden aan de opbouw van de gemeente. Er is bijvoorbeeld een liturgie commissie, jeugdouderlingen en het College van Diakenen. Onze penningmeesters werken binnen het College van Kerkrentmeesters ook aan de opbouw van de gemeente. De kosten moeten immers wel betaald worden. We zijn samen verantwoordelijk.

Laten we God danken. Laten we God vragen om een zegen over onze gemeenten, de andere PERKI-gemeenten en de Nederlandse gemeenten om ons heen.
4 maart 2019
Profiel van de Protestantse gemeente PERKI in Nederland
1.De Protestantse gemeente PERKI heeft  vier wijkgemeenten in vier regio’s: Amsterdam-Buitenveldert-
   Uithoorn, Den Haag, Rotterdam en Utrecht. Het gebied beslaat een behoorlijk deel van Nederland.

2.Het totaal aantal leden ligt op ongeveer 200 leden, van wie ongeveer 20 kinderen en 20 tieners.
   
3.De gemeente bestaat grotendeels uit mensen, die afkomstig zijn uit alle delen van Indonesië, maar ook
   van verschillende denominatie (Protestant, Katholiek, pinkster- en charismatische kerken, ethnische
   kerken zoals GPIB, GKI, Gereja Jawa, Gereja Toraja, Gereja Batak enz.

4.Kenmerkend is dat wij als het ware een grote familie vormen, met een sterke familie-en ethnische band.
   Deze onderlinge band is positief, voelt warm aan. Samen eten is een belangrijk onderdeel van onze
   cultuur.

5.De geloofstraditie is divers. Voor velen is de Reformatorische traditie belangrijk. De Apostolische
    geloofsbelijdenis, zoals vastgelegd in de geloofsbelijdenis van  Nicea, is leidend.

6.De gemeente heeft geen eigen kerkgebouwen. We zijn blij met onze band met de PKN-wijkgemeenten,
   van wie het kerkgebouw voor de eredienst  huren.

7.De liturgie in de eredienst ligt dichtbij de liturgie van de Protestantse kerk in Nederland. Op dit moment
    onderzoekt de Liturgie commissie of de liturgie van Buku Liturgi 2003/2004 veranderen moet.